Оставив эпизоды двух трилогий Звездных войн позади, игра фокусируется на сюжетной основе одноименного мультсериала от компании LucasArts. Графическое ядро в Войне клонов точно такое же, как и в прежних игровых продуктах, выпущенных под логотипом Lego. Все та же проекция от третьего лица, в которой вы управляете игрушечными воплощениями персонажей, знакомых каждому любителю вселенной Звездных войн. Сценарий следует канве истории, рассказанной в эпизоде трилогии и одноименном мультсериале. Все, чем вам предстоит заниматься – собирание полезных предметов, решение загадок и ребусов, сражения с неприятелем с использованием всевозможных сверхспособностей – довольно типично для игровых продуктов серии Lego.