История Persona 2: Innocent Sin начинается спустя несколько лет после событий первой Персоны. Действие происходит в вымышленном городе Сумару на который пало проклятье. Заключается оно в том, что любой слух, дошедший до определенного числа людей, становится действительностью. Сюжет игры разворачивается вокруг старшеклассников Тацуя Суо, Лизы Сильверман и главаря банды "Кассугуяма" Эйкити Мисина, которые, переживая клиническую смерть, попадают в астральное королевство, правит которым некий Филемон. Последний награждает их способностью вызывать Персону - мистическое альтер-эго, наделенное магическими силами. Завязка игры такова: по городу ходит слух, что если позвонить со своего мобильного телефона на свой же номер - явится некий Шут (Jocker), который, исполнит любое желание. Но если человек не сможет четко сформулировать свое желание - Шут забирает его "жизненную энегрию", оставляя пустую оболочку под названием "Теневая личность" (Shadow Selves). Главные герои вызывают Шута. Тот, говорит им, что они сделали с ним нечто ужасное в прошлом. Но поняв, что школьники не узнают его, приходит в ярость. Дав клятву отомстить, Шут исчезает, оставляя ребят в недоумении и жаждой вновь встретиться с ним.